Τροποποίηση και αντικατάσταση της απόφασης με αρ. Β1/819/1998 "σύσταση Ειδικών Λογαριασμών για τη χρηματοδότηση Ερευνητικών `Έργων και σχετικών Υπηρεσιών ή δραστηριοτήτων που εκτελούνται στα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα ή Τεχνολογικά Εκπαιδευτικά Ιδρύματα της Χώρας".

Ρύθμιση θεμάτων μετεγγραφών ειδικών κατηγοριών και κατ’ εξαίρεση μετεγγραφών/μετακινήσεων στα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα και στις Ανώτατες Εκκλησιαστικές Ακαδημίες.

Λειτουργία, οργάνωση, διοίκηση Φοιτητικών Λεσχών στα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα και παροχή δωρεάν σίτισης στους φοιτητές αυτών.

Διαδικασία καταβολής Φ.Π Α. κατά την αγορά, εισαγωγή ή ενδοκοινοτική απόκτηση καινούργιου μηχανολογικού και λοιπού εξοπλισμού καθώς και τη λήψη υπηρεσιών που πραγματοποιούνται από Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα ή Ιδρύματα Τεχνολογίας και Έρευνας, τα οποία συμβάλλονται με την Ευρωπαϊκή Επιτροπή για την πραγματοποίηση ερευνητικών προγραμμάτων για λογαριασμό της.  ΠΟΛ.1128/1997

Ορισμός κριτηρίων, δεικτών ποιότητας και επιτευγμάτων για την κατανομή της ετήσιας τακτικής επιχορήγησης στα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα.

Ρύθμιση θεμάτων Μετεγγραφών στα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα, τις Ανώτατες Εκκλησιαστικές Ακαδημίες και τις Ανώτερες Σχολές Τουριστικής Εκπαίδευσης.

Ορισμός κριτηρίων, δεικτών ποιότητας και επιτευγμάτων για την κατανομή της ετήσιας τακτικής επιχορήγησης στα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα. 

Ανάθεση εκπόνησης μελετών.Μετά τη δημοσίευση του Ν 3316/2005 (άρθρο 10) καταργείται η παρ.4α του άρθρου 13 του Ν 2578/1998 που αφορά στην απευθείας ανάθεση εκπόνησης μελετών ή διενέργειας ερευνών ή εκτέλεση έργων του Υπουργείου Μεταφορών και Επικοινωνιών σε ανώτατα και τεχνολογικά εκπαιδευτικά ιδρύματα και ερευνητικά ιδρύματα που εποπτεύονται από το κράτος, ως αντίθετη. (πλειοψ.)

Καθορισμός των προϋποθέσεων και της διαδικασίας οργάνωσης Προγραμμάτων Μεταπτυχιακών Σπουδών με μεθόδους εξ αποστάσεως Εκπαίδευσης στα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα (Α.Ε.Ι.).

Ανώτατα Στρατιωτικά Εκπαιδευτικά Ιδρύματα (Α.Σ.Ε.Ι.).